El CRG desenvolupa un algoritme que estudia l'evolució de la vida

El Centre de Regulació Genòmica de Barcelona (CRG) de Barcelona ha desenvolupat un nou algoritme que compara més d’1 milió de seqüències genètiques. Aquest nou sistema permet classificar les seqüències i analitzar les relacions evolutives a gran escala. 

Un dels reptes globals més recents que tenim és protegir la biodiversitat de la Terra i, per a fer-ho, s’ha d’entendre com han evolucionat i s’han relacionats totes les diferents espècies que habiten al planeta. Seqüenciar el genoma de la vida a la Terra pot ajudar a trobar nous aliments, fàrmacs i materials que poden conduir a trobar solucions per salvar espècies en perill d’extinció o altres situacions delicades, i evitar així el col·lapse d’ecosistemes sencers.

Un algoritme molt més potent que els actuals

L’estudi de les relacions evolutives entre les espècies que habiten el planeta es fa habitualment amb l’alineament múltiple de seqüències (MSA), una eina que busca diferències i similituds entre les seqüències biològiques. Aquesta pot trobar coincidències entre espècies no relacionades o predir com un canvi d’un gen o proteïna pot afectar la seva funció, entendre com han sobreviscut a determinades condicions i descriure, per tant, les relacions evolutives dels organismes.

El nou algoritme desenvolupat pel CRG pot analitzar simultàniament 1,4 milions de seqüències, comparar-les i classificar-les. Es tracta d’un sistema molt més ampli i potent que els altres MSA actuals, els quals només poden analitzar amb exactitud 100.000 seqüències. Per a crear aquest nou algoritme, els investigadors van utilitzar NextFlow, un programari desenvolupat pel mateix CRG.

"La meva esperança és que la ciència entri en una època de comprensió biològica enormement millorada" Evan Floden, investigador del CRG

"Hem dedicat centenars de milers d'hores de càlcul per provar l'eficàcia del nostre algoritme" va afirmar Evan Floden, un investigador del CRG. "La meva esperança és que la ciència entri en una època de comprensió biològica enormement millorada, que aporti finalment millors resultats per als consumidors, els pacients i el nostre planeta en general.”

Amb aqueta nova eina, “una màquina del temps”, com la descriu Cédric Notredame, principal autor de l’estudi, es podrà explicar “de quina forma les antigues limitacions van influir en els gens per donar lloc a la vida tal com la coneixem avui, de manera molt semblant a com el Telescopi Espacial Hubble observa coses que van passar fa milions d’anys per ajudar-nos a comprendre l’univers on vivim.”

La Universitat Pompeu Fabra (UPF), l’escola d’estudis internacionals ESCI-UPF i l’Institut de Ciència i Tecnologia d’Àustria han col·laborat amb els investigadors del CRG en la creació de l’algoritme. L’article on es descriu com funciona està publicat a Nature Biotechnology.

El contingut d'aquest camp es manté privat i no es mostrarà públicament.
CAPTCHA
This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.