Desenvoluparan una plataforma digital per processar dades òmiques a gran escala

El centre tecnològic Eurecat coordina el projecte Glomicave que desenvoluparà una nova plataforma digital capaç de processar dades òmiques a gran escala a través de big data i intel·ligència artificial. Es maximitzarà l’ús de dades preexistents amb la finalitat d’augmentar la comprensió dels sistemes biològics en el seu conjunt.

El projecte compta amb un finançament de 6.372.583 euros i aborda la necessitat de construir sistemes que permetin relacionar genotips, és a dir, el conjunt de contingut genètic d’un organisme, amb fenotips, que constitueixen les característiques visibles de l’organisme resultat de dades òmiques experimentals amb dades disponibles en repositoris públics i en textos científics.

Tal com explica la coordinadora de Glomicave, Biotza Gutierrez, gestora de programes púlics d’Eurecat, el projecte posarà a l’abast d’experts dels àmbits científics i industrials i de professionals no experts “una eina que els ajudarà a identificar i a comprendre nous vincles entre genotips i fenotips animals, vegetals i ambientals”.

Per la seva banda, Núria Canela, directora de la Unitat de Ciències Òmiques, una unitat d’R+D+i mixta formada per professionals d’Eurecat i de la Universitat Rovira i Virgili (URV),la integració multi-òmica “enriquida amb l’extracció i interpretació automatitzada del coneixement contingut en textos científics permetrà augmentar la comprensió dels sistemes biològics i realitzar associacions genotip-fenotip més acurades, alhora que permetrà racionalitzar el disseny experimental de nous estudis”.

D’aquesta manera, es pretén que la literatura científica feta per humans i per a humans es transformi en una base de coneixement computacional, és a dir, en un gràfic de coneixement. Segons Canela, això permetrà als usuaris consultar operacions per trobar “nous enllaços genotip-fenotip ocults”, no descrits explícitament a la literatura, i també integrar aquesta informació amb noves dades experimentals en estudis científics.

Amb aquest objectiu, s’utilitzaran estratègies de mineria de dades per recopilar i extreure informació de la literatura científica, juntament amb el processament del llenguatge natural (NLP) per interpretar la informació i integrar-la a la base de coneixement. S’adaptaran i ampliaran mètodes d’extracció d’informació d’última generació per a text biomèdic per crear i omplir gràfics de coneixement existents que representin entitats i conceptes biològics. Es posarà el focus en els mètodes que proporcionin extraccions interpretables i verificables.

La plataforma impulsada pel projecte Glomicave es validarà en tres sectors industrials diferents com la ramaderia, l’agro-biotecnologia i el medi ambient, i s’abordaran reptes específics en sis casos de negoci com la tecnologia de reproducció animal, la qualitat de la carn, el creixement i qualitat de la fruita, el creixement de les plantes, l’eliminació i recuperació de fòsfor i la producció de bioenergia en el cicle de l’aigua urbana.

El projecte Glomicave compta amb el finançament del programa Horizon 2020 de la Unió Europea i amb un consorci format per 15 socis d’Espanya, França, Alemanya, Portugal, Bèlgica i Dinamarca. Hi participen quatre centres tecnològics i de recerca com Eurecat, coordinador del projecte, SERIDA, INRAE i Forschungszentrum Julich; tres universitats com Aalborg University, University of Minho i Katholieke Universiteit Leuven; quatre petites i mitjanes empreses com ASINCAR, TREE Technology, Allice i AkiNaO; dues grans empreses com NEC Laboratories Europe i Aguas do Norte; el clúster animal ASEAVA, i UNE com a organisme d’estandardització.

El contingut d'aquest camp es manté privat i no es mostrarà públicament.
CAPTCHA
This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.